In Atelier Ryza 2: Lost Legends & the Secret Fairy kehrt Ryza für ein brandneues Abenteuer zurück - die Handlung setzt drei Jahre nach den Geschehnissen von Atelier Ryza: Ever Darkness & the Secret Hideout an und begleitet Ryza auf ihrer Reise zur Royal Capital of Ashra-am Baird, auf der sie alte Ruinen erkundet und die Wahrheit hinter den Mysterien der verlorenen Legende aufdeckt. Auf dem Weg erlernt sie zahlreiche neue Fähigkeiten, die ihr dabei helfen, die Gefahren und Aufgaben zu bewältigen die vor ihr liegen. Unter anderem erlernt sie das Schwimmen. Ryza's neu erlernte Schwimmtechnik hilft ihr nicht nur dabei, Materialien in Gewässern zu entdecken, sondern führt sie auch zum Eingang eines Unterwasser-Dungeons.
Ryza wird auf ihrer Reise abermals von ihren fröhlichen und lausbübischen Freunden begleitet - unter anderem wieder dabei: Klaudia. Als die einzige Tochter einer Händler-Familie arbeitete Klaudia in der königlichen Hauptstadt, wo sie sich an die Abenteuer mit Ryza erinnert, die sie drei Jahre zuvor zusammen erlebten haben. Klaudia sehnt sich nach wie vor nach einem aufregenderen Leben und findet schicksalshaft erneut mit Ryza zusammen, auf die sie in der Royal Capital trifft. Mit Fi schließt sich in diesem Abenteuer ebenfalls eine mystische Kreatur der Gruppe um Ryza an. Das Wesen spricht nicht, ist allerdings sehr ausdrucksvoll und voller Emotionen. Es freundet sich sehr schnell mit Ryza an und hilft ihr dabei, Antworten über die wahre Bedeutung der verlorenen Legenden zu finden.
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