Granblue Fantasy spielt in der Himmelswelt, einer Welt mit unzähligen schwebenden Inseln inmitten einer endlosen, blauen Weite. Schlüpf in die Rolle als Kapitän einer Himmelsfahrer-Crew, begleitet von einem rauflustigen kleinen Drachen namens Vyrn und einem jungen Mädchen mit geheimnisvollen Kräften namens Lyria. Gemeinsam segelt ihr mit einer schillernden Mannschaft aus Bootskameraden, darunter Könige und Ausgestoßene, nach Estalucia, einer sagenumwobenen Insel am Horizont der Himmel. Im Himmelkönigreich Zegagrande werden die Inseln von mächtigen Kreaturen namens Astralbestien bewacht und die Winde erzählen Geschichten von einer Geheimorganisation bekannt als die Avia-Sekte. Enthülle ein Netz an Intrigen, das bis weit über die Grenzen von Zegagrande hinaus reicht, und bereite dich auf einen Kampf um das Schicksal der Himmelswelt selbst vor.